ويتم إجراء فحص عشوائي على المياه في الحافظات من قِبل فريق مختص، يقوم بالفحص الدوري للمياه، والتأكد من خلوها من الملوثات، حيث وصلت عينات الفحص خلال هذا العام لأكثر من 23 ألف عينة، بواقع 66 عينة فحص يوميا، للتأكد من مياه الشرب المقدمة للمصلين والزوار.
وتُفرغ مياه زمزم في الخزانات الرئيسية، وتوزع في حافظات مبردة وغير مبردة في جميع المواقع داخل المسجد النبوي. كما تخضع مياه زمزم داخل المسجد لفحوص دقيقة من خلال تحليل قرابة 80 عينة بشكل يومي من كل المصادر، لتقديمها للزوار بشكل آمن, في حين يعمل طاقم فني متخصص مجهز بأحدث الأجهزة على مدى الساعة على متابعة رحلة الماء من منبعه حتى وصوله مبردا في استقبال ضيوف الرحمن بالمسجد النبوي.