تتبع الهيئة العامة للعناية بالمسجد الحرام والمسجد النبوي عددًا من المراحل والأساليب المتطورة في إدارة تخزين وتنقية وتوزيع ماء زمزم المبارك من البئر، وذلك عن طريق خزانات ذات سعة 5000 متر مكعب، وهي مقسمة إلى جزأين، ومبنية من الخرسانة المسلحة، بينما مرحلة تنقية ماء زمزم بعد تخزينه تتم بنقله إلى محطة التنقية وفلترته وإنتاجه بدرجة عالية من النقاوة والتعقيم عبر منظومة متكاملة من الفلاتر، وينتقل الماء المنتج بعد ذلك إلى خزاني كدي، سعة 10000 م3، وسبيل الملك عبد العزيز.

ويُزود المسجد الحرام بماء زمزم من خزان كدي، بينما تعبأ صهاريج زمزم للمسجد النبوي من سبيل الملك عبد العزيز. كما يتم الضخ إلى مصنع الإنتاج لتنتج عبوات ماء زمزم (5 لترات)، وينتقل الماء المنتج من خزان كدي بعد إعادة تنقيته عن طريق الأشعة فوق البنفسجية عبر أنابيب غير قابلة للصدأ (أستانلس أستيل) إلى محطات تبريد ماء زمزم حول المسجد الحرام، حيث يتم ضخه إلى نقاط تعبئة الحافظات ومشربيات ماء زمزم في المسجد الحرام.

ويستقبل المسجد الحرام يوميًا قرابة مليون وربع المليون لتر من مشروع الملك عبدالله بن عبدالعزيز لسقيا زمزم، بينما جهزت الهيئة العامة ما يزيد على 30 ألف حافظة لماء زمزم المبارك موزعة في أنحاء المسجد الحرام وساحاته ومرافقه الخارجية، وتتم تعبئتها خمس مرات يوميًا، مع توفير ما يزيد على 300 حقيبة متنقلة، لتوزيع عبوات زمزم، و80 عربة ذكية، سعة 80 لترًا، تتم إدارتها وتوزيعها من خلال أكثر من 1030 عاملًا.