يؤثر اختلال الساعة البيولوجية في وظائف الخلايا الداخلية بالجسم، إذ يمكن أن يتداخل مع إصلاح الحمض النووي (DNA) فيها، ودورة حياتها وموتها، مما يؤدي في النهاية إلى السرطان حال استمرار هذا الاختلال فترة طويلة.
2- أمراض القلب والأوعية الدموية
وجدت إحدى الدراسات أن خطر الوفاة من جميع أسباب وأمراض القلب والأوعية الدموية أعلى لدى النساء اللواتي عملن بنظام المناوبات الليلية المتناوبة 5 سنوات أو أكثر مقارنة بالنساء اللواتي لم يعملن أبدا في المناوبات الليلية.
3- مشاكل الجهاز الهضمي
الأشخاص الذين يعملون في نظام المناوبات أكثر عرضة للإصابة بمشاكل هضمية، مثل: آلام البطن، والإمساك، والإسهال.
4- متلازمة القولون العصبي (IBS)
قد يكون هذا بسبب الحرمان من النوم المرتبط بالشفتات الليلية، بالإضافة إلى نوعية الأطعمة التي يتناولها العاملون، حيث يحتوي نظامهم الغذائي غالبًا على الأطعمة المصنعة، التي يمكن أن تغير ميكروبيوم الأمعاء.
5- الاضطرابات النفسية
الأشخاص الذين يعملون ليلا أو ساعات غير منتظمة أكثر عرضة للإجهاد والمشاكل النفسية مقارنة بالأشخاص الذين يعملون في ساعات النهار الاعتيادية.
6- اضطرابات الأيض
يزداد خطر الإصابة باضطراب الأيض لدى العاملين في نظام المناوبات نتيجة مؤشر كتلة جسم أعلى من العاملين بنظام العمل النهاري، واختلال الهرمونات التي تنظّم عملية الأيض.