وتُنقل مياه زمزم يوميًا من مكة المكرمة بواسطة الصهاريج إلى محطة التفريغ بجوار المسجد النبوي، حيث يتم حفظها في خزانات خاصة وفق أعلى معايير الجودة والسلامة، كما تواكب كل مرحلة عملية فحص دقيقة من قبل مختصين؛ للمحافظة على جودة ونظافة المياه، ويتولى عاملون في إدارة السقيا بالمسجد النبوي مهام تعبئة الحافظات وتوزيعها في المسجد النبوي وسطحه وساحاته، وتوزيع مياه زمزم للمصلين والزائرين.
وتخضع عملية نقل وتوفير مياه زمزم إلى برنامج دقيق للعناية بسلامة المياه قبل وصولها للمستفيدين، حيث يتم يوميًا تحليل 80 عينة من ماء زمزم عبر أحدث الأجهزة والتقنيات؛ للتأكد من سلامتها وتقديمها للزوار بشكل آمن، كما يتم أخذ عينات من الأسطح الصلبة في المسجد النبوي بشكل يومي، للتأكد من نظافتها، وعدم وجود أي مصادر تلوث، وتشمل فحص نقاط التعبئة، والحافظات، وناقلات المياه، والمشربيات، وعبوات مياه زمزم، وأخذ المسحات الطبية للأسطح الصلبة.